您好!欢迎访问保定米奇生物科技有限公司网站!
全国服务咨询热线:

19801430409

当前位置:首页 > 技术文章 > Swift-基于PostBS的金标准甲基化建库试剂盒

Swift-基于PostBS的金标准甲基化建库试剂盒

发布时间:2021-04-23      点击次数:733

       

     

早期癌症检测可帮助肿瘤的初步诊断、分诊、治疗选择、治疗反应监测、疾病复发等,并且与此相关话题及技术发展已越来越被各界关注。NGS由于其检测位点多、准确性高等特点,也已成为主流技术路线。在建库方案确立初期,常见的疑问如下:

- 建库试剂盒的选择,是常规双链建库(PreBS)还是单链建库(PostBS)呢?

- 单链建库方案中,基于random priming的PBAT (Post Bisulfite Adapter Tagging)还是Swift Adaptase单链建库的methyl-seq试剂盒呢?

  •         PreBS  or PostBS?​

常规甲基化文库制备方法为下图中流程B所示,重亚硫酸盐处理的是经过常规双链建库试剂盒构建完的文库,也称作PreBS(Pre-Bisulfite)方法。该方案通常需至少微克量级别DNA,其主要原因是亚硫酸氢处理会破坏DNA双链结构,导致测序时损伤的文库无法进行簇生成。文库序列信息的大量丢失,这也就局限了人类疾病研究和样品类型的适用性。少量DNA即使是可行的,其代价是极低分子复杂度的测序文库,且由于需要大量的扩增循环数而导致的高dup率.

  •        Swift Adaptase or PBAT?

为了解决上述遇到的难题,各公司也纷纷推出在重亚硫酸氢盐处理后进行建库的技术路线,即PostBS (Post-Bisulfite),PBAT(Post Bisulfite Adapter Tagging)也属于该方法之一(详情见流程C)。PBAT是以重亚硫酸氢盐转化后的单链DNA为初始模板,通过两轮随机引物延伸,从而连接两端测序接头。由于随机引物的使用,该方法的主要痛点为:(1)重亚硫酸盐处理所产生的损伤模版, 有一定比例无法结合引物,从而降低了文库的分子复杂度;(2)随机扩增伴随着模版偏好性问题。值得注意的是,PBAT方案的改良版本也一直用于单细胞甲基化分析方案中。

Swift Biosciences创立了更加优化的建库PostBS 流程,与PBAT相同,都以重亚硫酸氢盐转化后的单链DNA为初始模板;不同的是,Swift Biosciences Accel-NGS DNA甲基化建库试剂盒可通过使用高效率的接头连接方式(即Adaptase技术),对重亚硫酸氢盐转化处理后的单链及损伤 DNA进行利用和转化,从而提供更完整、更偏好性更低的甲基化文库(流程A)。

 

  •             Swift Adaptase or PBAT,文章发表对比数据

来自新加坡南洋理工大学Li Zhou等人在Illumina NovaSeq和HiSeqX测序平台上,系统的比较了三种PostBS文库制备试剂盒性能,包括Swift Accel-NGS DNA Methyl-seq Kit, Illumina TruSeq DNA Methylation kit (PBAT)和QIAGEN QIAseq Methyl Library kit (PBAT)[1]。

实验设计如下表所示,HiSeq X测序平台测序读长设置为150 PE。样本1-4及样本5-8分别为全血和白细胞亚群(样本5和8:CD4+T细胞;样本6和7:中性粒细胞)。

图片

  •             三种建库试剂盒评估指标及结果如下:​

  •            测序质量:

               

       - Q20 (Swift: 99.9%, TruSeq: 99.8%, QIAseq: 99.1%)


                - Q30 (Swift: 95.3%, TruSeq: 95.9%, QIAseq: 91.7%)


               - 低质量碱基trimmed比例 (Swift: 0.6%, TruSeq: 1.1%, QIAseq: 1.6%)


              - 平均插入片段大小 (wift: 248 bp, TruSeq: 181 bp, QIAseq: 161 bp)


             - 接头序列trim比例 (Swift: 0.7%, TruSeq: 8.4%, QIAseq: 7.5%)


             - 重叠区域比例 (Swift: 15.7%, TruSeq: 28.5%, QIAseq: 36.4%)


             - Dup率(Swift: 19.0%, TruSeq: 41.6%, QIAseq: 23.0%)

 

  •        Alignment比例、覆盖深度及偏好性:


                -  Alignment比例 (Swift: 81.5%, TruSeq: 79.3%, QIAseq: 1/3)


               -  平均有效测序深度 (Swift: 26x, TruSeq: 13x, QIAseq: 6x)


               -  覆盖度均一性 (Swift > QIAseq > TruSeq)


              -  CpG位点覆盖情况 (Swift > TruSeq>  QIAseq)

 

 

  • ​          引用文献

[1] Li Zhou,et al. Systematic evaluation of library preparation methods and sequencing platforms for high-throughput whole genome bisulfite sequencing. Sci Rep. (2019) Jul 17;9.doi: 10.1038/s41598-019-46875-5.

 

    •  

       

       
       

       试剂盒订购信息 

      图片

       

    • 保定米奇生物科技有限公司是一家专业从事生命科学产品和技术开发、贸易的新型综合性科技公司。本公司拥有实力雄厚的研究技术团队以及先进的商业模式,以严谨的科学态度,不断满足生命科学市场的需求。

    • 目前,本公司的产品主要应用于基因检测相关领域,通过自主研发与代理结合的模式,为客户提供从样品制备到数据分析的整体解决方案,包括核酸提取、捕获探针定制、自动化液体处理、NGS文库制备、DNA/RNA定量分析等,其中多项技术在国内得到广泛应用,服务于科学研究、食品安全、临床检测、农业育种等领域。致力于为基因检测领域客户提供全面深入的解决方案。

       

       

       

       

       

       

保定米奇生物科技有限公司
地址:保定市惠阳街369号保定中关村创新基地研发中心15层1508室
邮箱:gatherbiotech@163.com
传真:
关注我们
欢迎您关注我们的微信公众号了解更多信息:
欢迎您关注我们的微信公众号
了解更多信息