FISH探针技术是一种应用非放射性荧光物质依靠核酸探针杂交原理在核中或染色体上显示DNA序列位置的方法。目前已广泛应用于染色体结构变异检测、基因作图、基因定位、基因扩增、产前诊断，疾病检测等领域,在临床诊断上具有很大的影响。FISH打破了传统FISH探针的限制，是具有高度特异性、无重复序列的探针。
荧光显微镜检测FISH探针杂交信号：
以荧光显微镜观察，在滤光镜激发下观察中期/间期细胞的荧光杂交信号，计数细胞和采集图像。每例分析一百到两百个间期细胞核细胞，重叠、破损、未去除细胞质和杂交信号微弱的细胞核不计入其中。对于双色双融合FISH，细胞内杂交信号相互靠近，小于1/10核直径的距离者计为一个信号。
FISH探针技术常用的探针有以下三类：
1、染色体重复序列探针，主要是指着丝粒α-卫星DNA重复序列探针和端粒重复序列探针，用以检测染色体数目异常，同时由于G显带时，端粒区是苍白的，因此涉及此区的易位常难以检测，而应用端粒探针则弥补了G显带的不足；
2、染色体涂染探针，包括通过流式分选或显微切割获得的全染色体或染色体臂以及特异性区带的涂染探针，用以检测染色体数目或结构异常；
3、染色体单一序列探针，包括各类人工染色体探针，如酵母人工染色体、细菌人工染色体、P1人工染色体、探针，主要用以识别染色体的易位、缺失和扩增。
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