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riboPOOL适合任意物种的核糖体RNA去除方案

简要描述:riboPOOL适合任意物种的核糖体RNA去除方案,适合任意物种,去除效率高且效果稳定,广泛应用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等领域,在欧洲*。

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  • 厂商性质:代理商
  • 更新时间:2022-09-06
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详细介绍

品牌其他品牌供货周期两周
应用领域生物产业,农业

riboPOOL适合任意物种的核糖体RNA去除方案

RNA测序是一种高度准确且灵敏的转录组追踪工具。然而,一些丰度很高的RNA种类却影响了NGS文库制备,浪费了宝贵的测序资源。

在提取到的总RNA中,核糖体RNA(rRNA)占95%左右,mRNA占2-3%,还有2-3%是非编码RNA,如Long non-coding RNA、tRNA、microRNA等。

所以,在RNA测序的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除核糖体RNA(rRNA)。

riboPOOL是来自德国的核糖体RNA去除产品,能够高效去除与研究无关的RNA,让研究人员更高效地利用测序资源。

riboPOOL核糖体RNA去除方案,适合任意物种,去除效率高且效果稳定,广泛应用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等领域,在欧洲*。

riboPOOL由精心设计的生物素标记的DNA探针混合物构成,保证RNA完整的前提下,比Ribo-Zero(Illumina)多去除约10%的rRNA。

riboPOOL主要优势

1、任意物种

去除任意物种的rRNA或高丰度mRNA:丰富的成品型目录可供选择,目录持续更新中;目录以外的物种的rRNA,或者组织特异性的高丰度mRNA均可定制。

2、去除不依赖poly-A结构

适合非Ploy-A化的RNA(如snoRNA、lncRNA、组蛋白)的研究和原核生物。

3、广泛的起始量范围

在100 ng到5 μg的RNA起始量之间都有很好的去除效率。

 

ribPOOL特殊应用

1、原核通用型riboPOOL与环境基因组学

原核通用型不仅可以广泛应用于各种原核生物样本(细菌、古生菌),还可以处理含有不同微生物的复杂样本,如环境基因组样本(如土壤、污泥)。

2、去除高丰度RNA

除rRNA之外, riboPOOL还可以去除组织特异性mRNA(如人血珠蛋白)或其他测序时出现的不相关的高丰度RNA。

3、可应用于Ribosome profiling

riboPOOLs 可以应用于ribosome profiling样本,更多信息,请联系我们。

4、复合型riboPOOL可以去除混合样本中的rRNA

复合型riboPOOL可以去除含多个物种的混合样本中的rRNA。客户可根据样本的组成比例混合2-4种成品型riboPOOL使用,如病原体感染的人体组织(人源+原核通用型)、人血液样本(人源+人血珠蛋白)。

 

实验流程

 实验数据

人类样本中,riboPOOL的去除效率是98.6%,而Comp Z的去除效率是80.6%。

小鼠样本中,riboPOOL的去除效率是96.4%,而Comp Z的去除效率是86.1%。

 

2013年,siTOOLs Biotech公司由RNA领域的专家在慕尼黑和雷根斯堡成立,团队涵盖RNAi筛选、RNA生产和生物信息学等方面具有长期经验的科学家,产品在欧洲得到研究院校和制药企业的广泛认可,在中国的总代理是蓝景科信。

 

siTOOLs Biotech主要产品线:

siPOOL—基因沉默工具(siRNA)

raPOOL—RNA捕获工具

riboPOOL—核糖体RNA去除工具(riboPOOL适合任意物种的核糖体RNA去除方案

实验结果稳定可重复,为您节约时间和成本。我们还提供先进的大数据分析工具(Phenovault)和研究服务,助力临床前研究中的靶点发现和验证。

核心技术

科学设计、集群效应,保证高效特异的作用于靶基因。

类似狼群所展示的群体智慧,我们利用集群的力量来实现具有挑战性的目标。基于此理念,我们科学优化设计siRNAs或生物素化探针混合物,并反复被证明可以显著减少脱靶效应,实验效率高,结果可靠且可重复。

核心文献:

Hannus, M., et al.(2014) siPools: highly complex but accurately defined siRNA pools eliminate off-target effects. Nucleic Acids Res 42(12): 8049‒8061.

 

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