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植物通用(被子开花植物)rRNA去除试剂盒

简要描述:riboPOOL适合任意物种的核糖体RNA去除方案,适合任意物种,去除效率高且效果稳定,广泛应用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等领域,在欧洲*。

  • 产品型号:
  • 厂商性质:代理商
  • 更新时间:2022-04-19
  • 访  问  量:734

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品牌其他品牌供货周期一个月
应用领域生物产业,农业

  植物通用(被子开花植物)rRNA去除试剂盒

  RNA测序是一种高度准确且灵敏的转录组追踪工具。然而,一些丰度很高的RNA种类却影响了NGS文库制备,浪费了宝贵的测序资源。

  在提取到的总RNA中,核糖体RNA(rRNA)占95%左右,mRNA占2-3%,还有2-3%是非编码RNA,如Long non-coding RNA、tRNA、microRNA等。所以,在RNA测序的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除核糖体RNA(rRNA)。

  riboPOOL是来自德国的核糖体RNA去除产品,能够高效去除与研究无关的RNA,让研究人员更高效地利用测序资源。

  Pan-Plant riboPOOL植物通用型核糖体RNA去除试剂盒,通用高效去除开花植物(被子植物)核糖体RNA.

  1、高效的rRNA去除试剂

  2、广泛覆盖开花植物

  3、适合叶片、种子和根等各种组织部位

  4、可去除28S, 18S, 5.8S & 5S rRNAü

  5、可去除线粒体 rRNA

  6、可去除质体rRNA(包括叶绿体)

  7、高丰度的核糖体 RNA (rRNA)限制了转录组测序中目的RNA的检测。植物通用型 riboPOOL 为您提供特异性去除开花植物rRNA的通用解决方案,适合叶片、种子和根等各种组织部位,可去除细胞质(28S、18S、5.8S和5S)、质体和线粒体rRNA。

  植物通用型 riboPOOL覆盖物种广泛

  植物通用型 riboPOOL由生物素标记的DNA探针组成,可以覆盖开花植物的主要门类。

  植物通用型 riboPOOL 可去除的植物物种包括30多个目(见下图)

   常见物种,如下:

  水稻、麻疯树、大豆、土豆 、棉花、咖啡、胡萝卜、洋蓟、橄榄、拟南芥、玉米、翠菊、小麦、苹果、橙子、荞麦及其他。

 

  如果您感兴趣的物种不属于这些门类,请咨询我们的定制型 riboPOOL产品。

  植物通用型 riboPOOL的测试结果不同门类中rRNA去除效率都很高;

  植物通用型核糖体RNA去除试剂的β测试(客户测试)结果如下:开花植物的去除效率大于91%,测试物种为被子植物的蝶形花科、刺莲花科、芸苔属和蔷薇科的六种植物。值得注意的是,原始藻类绿藻在测试中的rRNA去除效率为80%,表明植物通用型riboPOOL可以应用于被子植物以外的植物门类。


测试数据由马克斯·普朗克基因组中心的Dr. Bruno Huettel和Dr. Christian Wöhle提供。用QIAgen RNeasy提取总RNA(1 μg,RIN ~8),用Pan-Plant riboPOOL法去除rRNA,然后用RNA XPClean (Beckman Coulter)纯化。分别使用NEB试剂盒(modified)和Illumina HiSeq3000进行文库制备和测序。

更多信息:

  • 无酶去除法
  • 非Poly-A捕获
  • 实验时间约70分钟
  • 适宜的RNA起始量为100 ng - 3 μg
  • 与各种RNA纯化方法和RNA建库试剂盒兼容
  • 可以与其他物种的RiboPOOL混合使用,用于组成复杂的样本。例如:植物通用型与原核通用型riboPOOL混合使用,可用于植物微生物群研究。

植物通用(被子开花植物)rRNA去除试剂盒产品形式:

   rRNA去除试剂盒适用于快速提取植物组织RNA,使用独特的裂解液迅速裂解细胞和灭活细胞RNA酶,然后用乙醇调节结合条件后,RNA在高离序盐状态下选择性吸附于离心柱内硅基质膜,DNase直接在柱上消化残留DNA,再通过一系列快速的漂洗-离心的步骤,去蛋白液和漂洗液将细胞代谢物,蛋白等杂质去除,最后低盐的RNasefreeH20将纯净RNA从硅基质膜上洗脱。

  rRNA去除试剂盒使用注意事项:
  1、所有的离心步骤均可在室温完成,使用可容纳五十ml离心管的离心机。
  2、需要自备乙醇,一次性注射器(可选),研钵。
  3、裂解液RLT和裂解液RLTPlus和去蛋白液RW1中含有刺激性化合物,操作时要戴乳胶手套,避免沾染皮肤,眼睛和衣服。若沾染皮肤、眼睛时,需要用大量清水或者生理盐水冲洗。
  4、植物组织裂解是否充分直接影响到RNA提取的质量和产量,本试剂盒中提供的裂解液RLT,主要成分为异硫氰酸胍,适用于大多数植物组织的裂解,但有些植物组织(例如玉米的乳白色胚乳)或丝状真菌,由于次级代谢产物较特殊,异硫氰酸胍使样品产生固化,导致RNA无法提取,此时可以向我们索取另一种裂解液RLC,将解决该问题。

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