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在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。
DAP-seq与ChIP-seq技术对比:
技术名称 | DAP-seq | ChIP-seq |
实验模式 | 体外 | 体内 |
是否需要特异性抗体 | 否 | 是 |
是否适用于非模式物种 | 是 | 否 |
时间成本 | 低 | 高 |
是否高通量 | 是 | 否 |
服务项目 | 周期 | 交付结果 | 报价 |
蛋白表达载体构建 | 1-2周 | 构建载体的测序结果 实验过程图 原始测序数据 分析结果 | 详细报价请咨询 |
蛋白无细胞表达 | 1-2周 | ||
DAP-seq文库构建 | 1周 | ||
DNA亲和纯化 | 1-2周 | ||
上机测序 | 2周 | ||
标准数据分析 | 2周 |
生信分析 |
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项目可行性分析 |
开展项目之前,我们会根据您具体的转录因子做可行性分析报告,供您参考,从多个方面进行可行性分析,包括转录因子分子量,亚细胞定位预测,跨膜区预测,蛋白质结构域预测、翻译后修饰预测,并且根据文献报道和我们的经验来进行可行性分析。
已做物种 | ||||||||
植物 | ||||||||
拟南芥 | 茎瘤芥 | 甘蓝型油菜 | 白菜型油菜 | 不结球白菜 | 菜心 | 小麦 | 大麦 | 花生 |
辣椒 | 番茄 | 草莓 | 黄花棘豆 | 苦荞 | 红薯 | 木薯 | 马铃薯 | 普通烟草 |
人参 | 鸭茅 | 海岛棉 | 甘蔗 | 短芒大麦草 | 二色补血草 | 烟草 | 百脉根 | 芍药 |
丹参 | 狗尾草 | 菠菜 | 玉米 | 大豆 | 高粱 | 藜麦 | 陆地棉 | 甜瓜 |
黄瓜 | 葡萄 | 灰毡毛忍冬 | 粉葛 | 三叶青 | 猕猴桃 | 香蕉 | 蒺藜苜蓿 | 紫花苜蓿 |
伴矿景天 | 苔藓 | 地钱 | 毛果杨 | 717杨 | 84K杨 | 小黑杨 | 胡杨 | 山新杨 |
小叶杨 | 欧美杨 | 大青杨 | 毛白杨 | 刚毛柽柳 | 白桦 | 光皮桦 | 油松 | 毛竹 |
麻竹 | 银杏 | 油桐 | 荔枝 | 柑橘 | 甜橙 | 欧洲云杉 | 核桃 | 柿子 |
闽楠 | 木荷 | 脐橙 | 板栗 | 枣 | 枳 | 杜梨 | 苹果 | 桃 |
樱桃 | 麻疯树 | 茶树 | 梅 | 月季 | ||||
动物 | ||||||||
驴 | 飞蝗 | 新孢子虫 | ||||||
真菌 | ||||||||
拟轮枝镰孢菌 | 猪苓真菌 | 意大利青霉 | 草酸青霉 | 腐霉 | 金黄壳囊孢 | 灵芝 | 糙皮侧耳 | 草菇 |
灰盖鬼伞 | 虫草 | 亚洲镰刀菌 | ||||||
细菌 | ||||||||
路德维希肠杆菌 | 嗜热厌氧杆菌 | 生氮假单胞菌 | 伯克赫尔德氏菌 | 布鲁氏菌 | 肺炎克雷伯菌 |
我们可为您提供DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术服务和个性化数据分析,具有100多个物种,1000多个转录因子的实验经验,欢迎咨询。
参考文献:
O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.
Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.
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