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DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术服务

简要描述:DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。我们可为您提供DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术服务和个性化数据分析,具有100多个物种,1000多个转录因子的实验经验,欢迎咨询。

  • 产品型号:
  • 厂商性质:生产厂家
  • 更新时间:2023-06-02
  • 访  问  量:610

详细介绍

DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术服务

在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。


DAP-seq与ChIP-seq技术对比:

技术名称 DAP-seq ChIP-seq
实验模式 体外 体内
是否需要特异性抗体
是否适用于非模式物种
时间成本
是否高通量

 

 

服务项目 周期 交付结果 报价
蛋白表达载体构建 1-2周

构建载体的测序结果

实验过程图

原始测序数据

分析结果

详细报价请咨询

蛋白无细胞表达 1-2周
DAP-seq文库构建 1周
DNA亲和纯化 1-2周
上机测序 2周
标准数据分析 2周

 

生信分析

 

  • 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理

  • 数据产出统计

  • 参考序列比对分析  

  • 测序reads富集区域扫描(peak calling)

  • Peak在基因功能元件上的分布统计

  • Peak序列模式发掘(motif search)

  • 已知motif注释

  • Peak相关基因鉴定

  • Peak相关基因的GO和KEGG富集分析

  • 测序数据的可视化分析

 

项目可行性分析

开展项目之前,我们会根据您具体的转录因子做可行性分析报告,供您参考,从多个方面进行可行性分析,包括转录因子分子量,亚细胞定位预测,跨膜区预测,蛋白质结构域预测、翻译后修饰预测,并且根据文献报道和我们的经验来进行可行性分析。

 

 

已做物种
植物
拟南芥 茎瘤芥 甘蓝型油菜 白菜型油菜 不结球白菜 菜心 小麦 大麦 花生
辣椒 番茄 草莓 黄花棘豆 苦荞 红薯 木薯 马铃薯 普通烟草
人参 鸭茅 海岛棉 甘蔗 短芒大麦草 二色补血草 烟草 百脉根 芍药
丹参 狗尾草 菠菜 玉米 大豆 高粱 藜麦 陆地棉 甜瓜
黄瓜 葡萄 灰毡毛忍冬 粉葛 三叶青 猕猴桃 香蕉 蒺藜苜蓿 紫花苜蓿
伴矿景天 苔藓 地钱 毛果杨 717杨 84K杨 小黑杨 胡杨 山新杨
小叶杨 欧美杨 大青杨 毛白杨 刚毛柽柳 白桦 光皮桦 油松 毛竹
麻竹 银杏 油桐 荔枝 柑橘 甜橙 欧洲云杉 核桃 柿子
闽楠 木荷 脐橙 板栗 杜梨 苹果
樱桃 麻疯树 茶树 月季        
动物
飞蝗 新孢子虫            
真菌
拟轮枝镰孢菌 猪苓真菌 意大利青霉 草酸青霉 腐霉 金黄壳囊孢 灵芝 糙皮侧耳 草菇
灰盖鬼伞 虫草 亚洲镰刀菌            
细菌
路德维希肠杆菌 嗜热厌氧杆菌 生氮假单胞菌 伯克赫尔德氏菌 布鲁氏菌 肺炎克雷伯菌      

 

我们可为您提供DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术服务和个性化数据分析,具有100多个物种,1000多个转录因子的实验经验,欢迎咨询。


参考文献:

O'Malley RC, Huang SC, Song L, Lewsey MG, Bartlett A, Nery JR, Galli M, Gallavotti A, Ecker JR. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape. Cell. 2016. 165(5):1280-1292. doi: 10.1016/j.cell.2016.04.038.

Bartlett A, O'Malley RC, Huang SC, Galli M, Nery JR, Gallavotti A, Ecker JR. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq. Nat Protoc. 2017. (8):1659-1672. doi: 10.1038/nprot.2017.055.

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