CUT&Tag（DNA-蛋白互作研究）

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是研究DNA与蛋白互作的新技术。与ChIP-Seq相比，CUT&Tag不需要甲醛交联和免疫共沉淀的过程，而是通过靶蛋白的抗体和Protein A的介导，使Protein A融合的Tn5转座酶靶向并切割DNA，同时在序列两端加上测序接头，经PCR扩增后形成高通量测序文库。

技术流程

细胞与ConA beads结合——细胞渗透性处理——一抗与目的蛋白特异性结合——二抗结合一抗放大信号——加入pA-Tn5与抗体结合——通过Mg2+激活转座体，片段化目的蛋白结合的DNA，并加上接头序列——DNA提取与扩增-高通量测序

使用CUT&Tag，鉴定H3K27me3在染色质水平上的peaks。与ChIP-seq相比，在相同Reads条件下，两者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。

参考文献

Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.

技术对比

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更多技术服务：

DNA亲和纯化测序（DAP-seq）

在全基因组水平上鉴定转录因子的结合位点，预测转录因子潜在的靶基因。

DAP-seq 技术的出现，使转录因子结合位点的研究不再局限于生物物种，不再受抗体质量的限制，进一步拓展并加深了生命科学领域研究的广度和深度。

DAP-seq与RNA-seq联合分析

分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据，增加转录组测序的分析深度。

酵母单杂交技术 (Yeast One-Hybrid)

确定已知 DNA 和蛋白质之间是否存在相互作用。

筛选结合于目标顺式作用元件或其他短 DNA 序列的新蛋白。

鉴定蛋白结合 DNA 的结构域，精准定位与DNA 结合的蛋白序列。

Halo pull down

检测已知蛋白质之间的相互作用，鉴定与已知蛋白相互作用的未知蛋白。

重组蛋白表达

有大肠杆菌、酵母、昆虫细胞、哺乳动物细胞4种蛋白表达系统可供选择。