微生物多样性测序是基于二代高通量测序技术对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。具有低成本、高通量、流程自动化等优势。
一、样本类型
涵盖土壤、污泥、发酵、油污、空气、口腔、粪便、海泥、母乳、动植物内生菌、积雪、岩石、根基共生等，几乎存在微生物的各种样品均可进行试验。
二、扩增子测序
1、16S rRNA测序（细菌多样性研究）
2、18S rRNA测序（真核微生物多样性研究）
3、ITS测序（真菌多样性研究）
16S rRNA 位于原核细胞核糖体小亚基上，包括 10个保守区和9个可变区，保守区在细菌间差异不大，可变区具有属或种的特异性，随亲缘关系不同而存在差异。16S rDNA适用于细菌系统发育和分类鉴定的指标。
16S rDNA扩增子测序，通常是选择1-2个可变区，利用保守区设计通用引物进行 PCR 扩增，再对可变区进行测序分析和菌种鉴定。
16S rDNA扩增子测序技术是研究环境样品中微生物群落结构组成、挖掘样品之间差异的重要手段。同理18S rRNA 和ITS测序分别是针对真核微生物和真菌多样性研究的分类鉴定手段。
实验流程：样品准备、DNA提取、DNA检测、PCR扩增、产物纯化、文库制备、文库质检、上机测序、生信分析。
三、宏基因组测序
2005 年，加州大学伯克利分校的 Kevin Chen 和Lior Pachter 将宏基因组定文为“应用现代基因组学的技木直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需要在实验室中分离单一的菌株”的科学。宏基因组测序是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，提取环境样本总 DNA，获得环境微生物基因信息总和，研究环境微生物的群落结构、物种分类、基因功能及代谢网络等，具有通量高、速度快、信息全等特点，在鉴定低丰度的微生物群落、挖掘更多基因资源方面具有很大优势。
实验流程：样品准备、DNA提取、DNA检测、文库制备、文库质检、上机测序、生信分析
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