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DNA建库中PCR扩增子建库方法应用相对较少的原因

发布时间:2021-08-30      点击次数:579
   DNA建库方法是分子生物学的实验原理,其本质就是在待测片段两端加上接头的过程。目前DNA建库方法按照接头连接方式不同可分为五类:TA克隆连接接头建库、Swift法建库、转座酶法建库、PCR扩增子建库、平末端连接接头建库。
  其中平末端连接接头的方法基于Ion Torrent平台。与Illumina平台类似,Ion Torrent平台的文库构建目的也是在片段化好的DNA片段两端加上特定接头,该方法一般包括4个步骤:DNA样本片段化、末端修复,连接adapter(PI和A/P1和X),选择性回收DNA片段,文库PCR富集,纯化PCR产物。
  需要注意的是:在Ion Torrent平台构建好的文库通过油包水PCR种到测序柱子上,文库中的X或A接头是测序起始端,而P1接头是是连到测序珠子的这一端。与Illumina通过采集荧光信号记录记录碱基序列的方法不同,Ion Torrent的测序是通过微环境中pH值短暂的下降被pH电极检测到并且把测得的值传给计算机记录。
  综上,NGS建库可以按照接头加入目的片段的不同分为5种,其中TA克隆连接接头建库法应用最广泛,适用于绝大多数样本建库,是目前商业化建库方式的主流;Swift法与TA克隆连接接头法类似,操作上相对繁琐,P5接头和P7接头是分两步连接上的;
  转座酶法只需1h 40min即可完成文库构建,可以节省大量的人力,但是在应用上只适用于cDNA和全基因组等文库的构建,且转座酶本身具有偏好性,对后续的测序质量会有一定的影响;
  PCR扩增子建库是捕获建库的一种,适用于临床背景下靶向基因的研究,平末端连接接头建库适用于Ion Torrent平台,Ion Torrent市场占有率相对较低,所以此建库方法应用范围相对较少。

DNA建库

 

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