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当前位置:首页 > 产品中心 > siTOOLs Biotech > riboPOOL > dp-K024/96-000031rRNA去除探针-植物通用型(被子植物)

rRNA去除探针-植物通用型(被子植物)

简要描述:riboPOOL核糖体rRNA去除探针-植物通用型(被子植物)riboPOOLs
核糖体RNAs(rRNA)约占RNA-Seq数据读取量的90%,去除后可大大节省RNA-seq的测序成本。riboPOOL可以高效和特异性地去除rRNAs,适合大多种模式和非模式物种或RNA序列。

  • 产品型号:dp-K024/96-000031
  • 厂商性质:代理商
  • 更新时间:2022-12-22
  • 访  问  量:89

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详细介绍

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riboPOOL核糖体rRNA去除探针-植物通用型(被子植物)riboPOOLs


riboPOOL 灵活高效的去除核糖体RNA

核糖体RNAs(rRNA)约占RNA-Seq数据读取量的90%,去除后可大大节省RNA-seq的测序成本。riboPOOL可以高效和特异性地去除rRNAs,适合大多种模式和非模式物种或RNA序列。


riboPOOL 的主要优势

种类丰富:丰富的成品型目录可供选择,目录持续更新中;目录以外物种或RNA可以定制

工作流程快:一步法,完整工作流程仅用时70min

起始量范围广泛:在100 ng到5μg的RNA起始量之间都有很好的去除效率

针对特殊应用定向优化:ibosome profiling样本;环境转录组学(如土壤、污泥)

高效的去除:去除效率高,结果稳定可重复

搭配灵活:兼容各种RNA纯化和RNA建库方法

探针法:没有酶切偏好,可以均一的覆盖转录本;无打断样本风险;适用于无polyA结构的RNA(如snoRNA,LncRNA, 组蛋白)

兼容多种下游分析方法:如RNA-Seq、微阵列分析和实时定量PCR等

可混合使用:客户可根据样本的组成比例,混合使用2-4种riboPOOL,如病原体感染的人体组织(人源+原核通用型)、人血液样本(人源+人血珠蛋白)、植物微生物群研究(植物通用型+原核通用型)


目录 成品型 riboPOOLs

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riboPOOL 工作流程

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riboPOOL 有效起始量范围(100ng-5ug)

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riboPOOL 可混合使用(复合型)

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测试样本为(a)SW48 细胞 (人源), NIH3T3细胞 (小鼠)和DH10B株大肠杆菌RNA混合物。 实验比较(b)单独使用人源、鼠源、原核通用型riboPOOL和(c)使用复合型riboPOOL(由1:1:1的人源、鼠 源、原核通用型riboPOOL混合构成),两者均可有效去除1μg RNA混合样本中的rRNA. rRNA的去除效率用生物分析仪,或rtqPCR分析评估(用rRNA或GAPDH(管家基因)特异性的引物进行实时定 量PCR )。


人源/小鼠/大鼠riboPOOLs

可去除细胞质rRNA (28S, 18S, 5.8S & 5S rRNA)&线粒体rRNA

高质量RNA(RIN >7),rRNA去除效率可达97%-98%

降解RNA/FFPE(RIN<7),rRNA去除效率可达87%-98%

Ribo-Seq(30nt片段),优化不易去除区域探针密度,rRNA去除效率约75%

*不同实验方案间有一定差异

riboPOOL的rRNA去除效率高约10%

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两种试剂的可重复性相当

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原核通用型(细菌/古生菌)

覆盖广泛的原核生物(细菌/古生菌),适合微生物培养物、宏基因组、微生物组群分析

去除目标涵盖 5S, 16S and 23S rRNA

原核通用型 riboPOOL设计依据

基于76个代表性物种的rRNAs 序列设 计的微生物通用型 riboPOOL,适合图 中所示的类群(内圈,粗体)和亚群(外圈) 所涵盖的细菌和古细菌。

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*如果您感兴趣的物种不属于这些类群或亚群,请咨询我们的定制型riboPOOLs产品。

**译注:暂无中文译名


原核通用型 riboPOOL已验证物种(RNA-Seq )

测试结果来自不同的实验室,rRNA去除效率从~50-98%不等,在大多数物种中rRNA去除效率>70% 。去除效率可能因样品类型和实验条件的不同而不同。 高质量的RNA样本中效率高。推荐的起始RNA投放量为100 ng-5 μg。


植物通用型(被子植物)

可去除细胞质(28S, 18S, 5.8S & 5S) 、质体和线粒体 rRNA

广泛覆盖开花植物

适合叶片、种子和根等各种组织部位


植物通用型 riboPOOL 可以覆盖开花植物的主要门类

包括30 多个目(见下图) 常见物种,如下:

水稻 · 麻疯树 · 大豆·土豆 · 棉花 · 咖啡·胡萝卜 · 洋蓟 · 橄榄·拟南芥 · 玉米 · 翠菊·小麦 · 苹果 · 橙子·荞麦 · 及其他

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*如果您感兴趣的物种不属于这些门类, 请咨询我们的定制型 riboPOOL产品


植物通用型 riboPOOL的β测试结果

开花植物的去除效率大于91% 值得注意的是,在原始藻类绿藻中rRNA去除效率为80%,表明植物通用型riboPOOL可以应用于被 子植物以外的植物门类。

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riboPOOL核糖体rRNA去除探针-植物通用型(被子植物)riboPOOLs 产品属性

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• 提供两种产品形式,一种是探针型,另一种是完整试剂盒,两种形式均提供试验方案。

• 产品以冻干形式室温运输。

• 复溶后,在-20℃或以下的温度,可稳定保存12个月。建议分装储存,避免多次冻融。


订购信息

请说明订购的物种名称(见目录 成品型),产品种类(探针/试剂盒/定制型),产品规格

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